Komite Nasional Kecelakaan Transportasi akan menyelidiki penyebab kecelakaan. Otoritas navigasi penerbangan, AirNav Indonesia, mengungkapkan bahwa pilot sempat melaporkan adanya masalah pada kendali pesawat, dua menit setelah take off. Sumber Tempo mengungkapkan bahwa pesawat yang sama mendarat di Soekarno-Hatta dari Bandara Ngurah Rai, Denpasar, tujuh jam sebelumnya, juga dengan sejumlah laporan persoalan.