Pada dasarnya, persoalan Ambalat adalah buntut dari masalah Sipadan-Ligitan yang berkembang sejak 1969. Pada 1997 Indonesia sepakat dengan Malaysia untuk menyelesaikan kasus kepemilikan Sipadan-Ligitan melalui Mahkamah Internasional, yaitu apakah kedua pulau tersebut berdasarkan hukum internasional adalah wilayah Indonesia atau Malaysia. Mahkamah tidak diminta menetapkan batas-batas laut antara Sipadan dan Kalimantan Timur, baik batas laut teritorial, zona tambahan, zona ekonomi eksklusif (ZEE), maupun landas kontinen. Batas-batas laut ini akan dirundingkan oleh kedua negara setelah keputusan Mahkamah mengenai kepemilikan atas Sipadan dan Ligitan. Malaysia dengan peta yang diterbitkannya pada 1979 telah menetapkan sendiri batas laut antara Sabah dan Kalimantan Timur dengan, antara lain, (a) memasukkan Sipadan-Ligitan ke dalam wilayahnya sebagai titik dasar, (b) menarik garis dasar lurus (garis pangkal) dari Sipadan sampai ke perbatasan darat Indonesia-Malaysia di Pulau Sebatik, dan (c) menarik garis tengah antara garis dasar Malaysia tersebut dan garis dasar perairan Kepulauan Indonesia berdasarkan UU No. 4/Prp 1960 di pulau-pulau sebelah timur Provinsi Kalimantan Timur.