Dalam sebuah laporan dari tahun 2005, kita mendapati bahwa Ulil telah diincar oleh jaringan terorisme, dengan rencana pembunuhan yang digagalkan oleh tindakan pencegahan yang bijaksana. Meskipun dirinya menolak memberikan komentar, keberadaannya sebagai aktivis yang memperjuangkan gagasan-gagasan sekularisasi dan liberalisasi Islam membuatnya menjadi sasaran serangan.