Kelompok ini mempunyai sumber dana yang diduga hasil rampokan. Kelompok Islam di Ambon, konon, pernah kecipratan dana tersebut. Seperti lazimnya kelompok terlarang, tak banyak yang diketahui orang tentang Kumpulan Mujahidin Malaysia. Laporan independen yang secara detail mengungkap sosok organisasi tersebut minim. Wakil Menteri Dalam Negeri Malaysia, Datuk Zainal Abidin Zin, hanya menyebutkan bahwa kelompok ini terbentuk pada awal 1999 di Kampung Sri Aman, Puchong, Selangor.